В 2000 году Ксения окончила Санкт-Петербургскую государственную академию театрального искусства (СПбГАТИ), где занималась в классе В.М. Фильштинского и сразу была приглашена в стажёрскую группу Санкт-Петербургского Малого драматического театра.
Ксения Раппопорт родилась в семье инженера (мать) и архитектора (отец); ее дед был археологом, а бабушка — реставратором.