Родители актёра развелись, когда он был ещё ребёнком, и Йонер с младшим братом остались жить с матерью. Их отец художник Оле Карлсен умер, когда Йонер был подростком.
Кристоффер Йонер — племянник норвежского актёра Йоханнеса Йонера, племянник музыканта и композитора Сверре Индриса Йонера, а также двоюродный брат актёра Кнута Йонера.
В молодости Йонер был вокалистом созданной им с друзьями в Ставангере группы Single Satellites. Они играли музыку в стиле The Smiths и выпустили альбом «Single Satellites Open for Love».