Аронофски окончил среднюю школу Эдварда Мэроу (Нью-Йорк). После окончания школы он в течение 6 месяцев путешествовал по Ближнему Востоку, Европе и Гватемале, а в 1987 году поступил в Гарвардский университет, где изучал антропологию, кино и анимацию. В 1991 он окончил Гарвард, получив степень бакалавра искусств с отличием.
