Говорят, что Мастрантонио страдала физическим и эмоциональным расстройством из-за сильного давления, которое она испытывала на съемочной площадке фильма «Бездна» (1989).
У Мэри Элизабет Мастрантонио есть два сына от брака с Пэтом О«Коннором Джек О»Коннор (род.1993) и Деклан О`Коннор (род.1997).