Повествование пойдет о борьбе организации «Nerv» с таинственными созданиями — «Ангелами», по неизвестным причинам нападающими на человечество. С целью защиты от вторжения Ангелов, используются биороботы «Евангелионы», разработанные предшественницей «Nerv» — «Gehirn», управлять которыми могут только некоторые 14-летние подростки, именуемые «Детьми».